1999年7月1日，根據黨中央、國務院、中央軍委關于深化國防科技工業體制改革的重大決策，在原中國核工業總公司的基礎上組建成立中國核工業集團公司、中國核工業建設集團公司。

　　兩大集團公司產生的臺前幕后

　　1999年國防科技工業體制改革的核心，是真正實現政企分開。各軍工總公司的政府管理職能移交新組建的國防科工委。當時，各軍工總公司改組成立不少于一個的企業集團公司是中央的明確要求。時任國務院總理朱镕基在一次會議上說，這一次是你們(指核工業、航天工業、航空工業、船舶工業、兵器工業五個軍工總公司負責人)說，下一次我說。話雖直白，實際上表達了將原本具有行政職能的各軍工總公司徹底推向市場化的決心。

　　對于中國核工業總公司的體制改革和集團公司組建，當時還有一個設想，就是成立一個中國核工業(集團)總公司，同時再成立兩個專業性的集團公司。但到了中央決策時，朱镕基同志明確表示：各軍工總公司分立組建集團公司，兩個正好。于是，在中國核工業總公司部分企業事業單位的基礎上，分別組建了中國核工業集團公司、中國核工業建設集團公司。核工業完整的循環體系和科研設計力量留在了中國核工業集團公司，中國核工業建設集團公司主要承擔核工程、國防工程、核電站和其他工業與民用工程建設任務。

　　朱镕基同志后來在某場合對核工業的負責同志說，你們兩個集團，一個搞工業，一個搞建設，也很好。

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